Marea bogăţie de care se bucura Ordinul, fără precedent în lumea medievală, l-a transformat într-o ţintă pentru regele francez Filip al IV-lea, care a complotat împreună cu papa Clement al V-lea pentru distrugerea acestuia. Urcat pe tron în 1285, Filip al IV-lea, cunoscut şi drept „cel Frumos”, a jucat rolul decisiv în distrugerea Ordinului Templierilor. Ambiţiosul monarh nu a ezitat să intre în conflict cu papa Bonifaciu al VIII-lea, care dorea să reafirme întâietatea Suveranului Pontif în lumea creştină. Filip l-a acuzat pe Papă de mai multe crime, inclusiv erezie şi magie neagră. Tot el i-a expulzat pe evrei din Franţa, în 1306. În anul următor, el a ordonat, în secret, arestarea tuturor templierilor din regat.
În ziua de joi, 12 octombrie 1307, Jacques de Molay, Mare Maestru templier, fusese invitat să fie unul dintre purtătorii sicriului la înmormântarea cumnatei regelui. Onoarea acordată de Filip s-a dovedit a fi o capcană. În ziua următoare, vineri, 13 octombrie 1307, toţi templierii din Franţa au fost arestaţi. Gestul a căzut ca o lovitură de trăsnet în toată lumea creştină occidentală. Filip le-a scris tuturor suveranilor catolici, pentru a le expune punctul său de vedere şi a le solicita sprijinul împotriva membrilor Ordinului din ţările respective.
Însă cei mai mulţi monarhi au refuzat, pur şi simplu, să creadă acuzaţiile incredibile aduse de regele francez. Cu toate acestea, Filip s-a bucurat de sprijinul decisiv al papei Clement al V-lea. Născut în Franţa, acesta a ajuns pe scaunul pontifical cu ajutorul lui Filip, fiind încoronat papă la Lyon, în 1305. Având o poziţie precară – el şi-a exercitat pontificatul la Avignon, nu la Roma – Clement nu le-a luat apărarea membrilor Ordinului.
Arestarea templierilor avea să conducă la unul dintre cele mai răsunătoare procese din istoria civilizaţiei occidentale, desfăşurat între 1307 şi 1314, când a fost ars pe rug ultimul Mare Maestru templier, Jacques de Molay. Cavalerii au fost acuzaţi de peste 100 de crime. Învinuirile aduse acestora au fost legate în principal de erezie, sodomie, idolatrie, precum şi de lepădarea de Hristos. Acuzaţiile se bazau preponderent pe mărturiile informatorilor regelui şi pe confesiunile smulse sub tortură. Aceasta era o metodă de interogare acceptată în procesele medievale, care nu aveau ca scop aflarea adevărului, ci dovedirea acuzaţiilor. Sub presiunea unor torturi inimaginabile, Marele Maestru Jacques de Molay, care avea o vârstă înaintată în momentul arestării, a recunoscut acuzaţiile care i se aduceau pe 24 octombrie 1307. O zi mai târziu, alţi 30 de lideri templieri importanţi au cedat şi ei în faţa inchizitorilor, pecetluind soarta Ordinului. Sub presiunea lui Filip, Clement al V-lea a emis o bulă prin care le cerea suveranilor catolici să îi aresteze pe templierii din regatele lor, însă în numele papei.
Cu siguranţă că Filip şi-ar fi dorit ca procesul templierilor să se încheie cât mai repede, însă papa, care nu a avut curajul să-l înfrunte direct pe suveran, a reuşit să-l prelungească mai mulţi ani. În 1311, Clement al V-lea a prezidat Conciliul de la Viena, care a declarat că Ordinul Templierilor nu se făcea vinovat de acuzaţiile aduse, având în vedere că acestea nu au putut fi dovedite. Cu toate acestea, anii de procese şi torturi au distrus Ordinul, care nu mai avea cum să fie funcţional. În anul 1312, Clement a emis o bulă papală care dizolva Ordinul, iar la scurt timp, o altă bulă care transfera toate bunurile templierilor unui alt ordin religios, cel al ospitalierilor, nu unui conducător laic.
În martie 1314, în faţa unui grup de cardinali şi teologi francezi din Paris, Marele Maestru Jacques de Molay şi trezorierul său au găsit curajul să retracteze mărturisirile făcute sub tortură, afirmând că Ordinul nu se face vinovat de învinuirile aduse. Acuzaţi că au căzut din nou în erezie, pentru că şi-au retras mărturisirea, cei doi au fost daţi pe mâna regelui, care a ordonat imediat să fie arşi pe rug, fără să se consulte cu Suveranul Pontif.
Execuţia a avut loc la 18 martie 1314, pe o mică insulă din mijlocul Senei, în apropierea grădinilor regale. Legenda spune că, în timp ce ardea pe rug, Jacques de Molay i-ar fi blestemat pe Filip al IV-lea şi pe Clement al V-lea să îl urmeze în maxim un an, pentru a da socoteală în faţa lui Dumnezeu pentru nelegiuirile comise. Deşi s-ar putea să nu aflăm niciodată adevărul despre acest „blestem”, ştim sigur că cei doi conspiratori, care au uneltit împotriva Ordinului, „l-au urmat” pe Marele Maestru în acelaşi an:Papa Clement al V-lea a murit în aprilie, iar Filip al IV-lea, în noiembrie, la numai 46 de ani. Cei trei fii ai regelui au murit şi ei la scurt timp, fără urmaşi, sfârşindu-se în acest fel dinastia Capeţienilor.
